בקרבנות נחשון היה גם שעיר עזים אחד לחטאת. רש״י מבאר שהשעיר בא לכפר על ״קבר התהום״, כלומר על טומאת ספק - שמא נטמא אדם מקבר שאינו ידוע. החטאת בדרך כלל באה לכפר על חטא, אך כאן, כחלק מחנוכת המזבח, היא הובאה כהוראת שעה, שהרי אין יחיד מביא חטאת אלא על חטא ודאי. שעיר העזים הובא מכל נשיא בנפרד, ותפקידו לכפר ולטהר, כדי שתהיה חנוכת המזבח בטהרה גמורה. כך השלים כל נשיא, יחד עם המנחה והעולה, גם קרבן חטאת המכפר, כדי שכל סוגי הקרבנות ייצגו בחנוכת המזבח.