את הנותר בשמן אשר על כף הכהן נותן על ראש המיטהר, וכיפר עליו הכהן לפני ה׳. חזקוני מעיר על הדקדוק ש״והנותר בשמן״ - הבי״ת כאן במקום מ״ם, כלומר ״מן השמן״. נתינת יתרת השמן על ראש המיטהר משלימה את מלאכת השמן: תחילה הזה שבע פעמים, אחר כך נתן על התנוך והבהונות, ולבסוף את השארית על הראש. פעולה זו מכפרת על המיטהר לפני ה׳ וממשיכה את תהליך הטהרה לקראת הקרבת החטאת והעולה.