בשבתם בשיטים החל העם לזנות אל בנות מואב, ״וַתִּקְרֶאןָ לָעָם לְזִבְחֵי אֱלֹהֵיהֶן״, והעם נצמד לבעל פעור. חרה אף ה' בישראל, ומגפה החלה. משה והעדה בכו פתח אוהל מועד. באותה שעה בא איש מבני ישראל, מנשיאי שבט שמעון, והביא אל אחיו אישה מדיינית לעיני משה וכל העדה.
פִּינְחָס בן אלעזר בן אהרן הכהן ראה, ״וַיָּקָם מִתּוֹךְ הָעֵדָה וַיִּקַּח רֹמַח בְּיָדוֹ״, ובא אחר האיש אל הקבה ״וַיִּדְקֹר אֶת שְׁנֵיהֶם״. בכך נעצרה המגפה מעל בני ישראל, אך כבר מתו בה עשרים וארבעה אלף.
ה' אמר למשה: ״פִּינְחָס בֶּן אֶלְעָזָר... הֵשִׁיב אֶת חֲמָתִי מֵעַל בְּנֵי יִשְׂרָאֵל בְּקַנְאוֹ אֶת קִנְאָתִי״, ולכן ״הִנְנִי נֹתֵן לוֹ אֶת בְּרִיתִי שָׁלוֹם״, וברית כהונת עולם לו ולזרעו. מעשה פינחס הוצג כמעשה קנאות לה' ברגע של פריצת גדר, אך גם עורר לאורך הדורות עיון במקומה של הקנאות.
סיפור פינחס נדון לאורך הדורות: הוא מציג קנאות לשם שמים העוצרת פורענות, אך גם מלמד עד כמה נדירה ומסוכנת הדרך הזו. חז״ל סייגו מאוד מעשה כזה.