דבר ה' היה אל יוֹנָה בן אמיתי: ״קוּם לֵךְ אֶל נִינְוֵה הָעִיר הַגְּדוֹלָה וּקְרָא עָלֶיהָ כִּי עָלְתָה רָעָתָם לְפָנָי״. אך יונה קם לברוח תרשישה מלפני ה', ירד ליפו ומצא אונייה. ה' הטיל רוח גדולה אל הים, ״וַיְהִי סַעַר גָּדוֹל בַּיָּם״, והמלחים פחדו. יונה ישן, וכשהוברר בגורל כי בגללו הסער, אמר להם ״שָׂאוּנִי וַהֲטִילֻנִי אֶל הַיָּם״. הם הטילוהו, והים עמד מזעפו.
ה' מינה דג גדול לבלוע את יונה, ״וַיְהִי יוֹנָה בִּמְעֵי הַדָּג שְׁלֹשָׁה יָמִים וּשְׁלֹשָׁה לֵילוֹת״. משם התפלל יונה אל ה', ״קָרָאתִי מִצָּרָה לִי אֶל ה' וַיַּעֲנֵנִי״. ה' אמר לדג, ״וַיָּקֵא אֶת יוֹנָה אֶל הַיַּבָּשָׁה״.
שוב נשלח יונה, והפעם הלך אל נינוה וקרא ״עוֹד אַרְבָּעִים יוֹם וְנִינְוֵה נֶהְפָּכֶת״. אנשי נינוה האמינו, קראו צום ולבשו שק מגדולם ועד קטנם, ״וַיָּשֻׁבוּ אִישׁ מִדַּרְכּוֹ הָרָעָה״, וה' ניחם על הרעה. יונה חרה לו, וה' לימדו דרך הקיקיון שיבש כי ראוי לחוס על עיר גדולה מלאה אדם ובהמה.
ספר יונה מלמד שאין בורחים מייעוד ומאחריות, ושהתשובה פותחת פתח לרחמים - אף לעיר נכרייה. שיעורו הגדול: ה' חס על כל בריותיו, ומצפה שגם האדם ירחם.